磷酸化多肽蛋白激酶活性分析分為兩步：

　　①末端標記的三磷酸核苷核供體(通常是ATP，有時用GTP)中的磷酸基團轉移到蛋白質或肽底物上;

　　②將磷酸化的底物分離出并進行定量分析。

　　前者通常在溶液中進行，(磷酸化多肽)酶和底物均在液相中。后者為了去除游離的標記核苷酸，通常需要用三氯醋酸沉淀、SDS-PAGE分離或使標記底物結合于纖維素膜上。

　　有時可將酶或底物固定于固相載體上，如蛋白質混合物經SDS-PAGE后轉移到硝酸纖維素膜上，然后封閉，放入含有酶和標記ATP的溶液中。或者更進一步，設計一個蛋白激酶分析系統(酶活性的原位分析)，將(磷酸化多肽)蛋白激酶和它的底物均固定于硝酸纖維素膜上，這一方法可與標準的液相分析方法達到相等的靈敏度和線性范圍。其分析原理是含有蛋白激酶活性的樣品先固定于硝酸纖維素膜上(點滴或真空抽吸)，然后將濾膜浸入合適的蛋白底物溶液中，底物蛋白質與剩余的膜結合位點結合，然后加入同位素標記的ATP，作用一定時間后洗去膜上未反應的ATP并終止反應，參入物經放射自顯影或液閃計數定量，與膜結合的酶和底物均具有一定的運動性，兩者反應的定量值代表磷酸化的程度。

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